Si una cooperativa ha perdido el carácter de fiscalmente protegida por haber incurrido en una de las causas del artículo 13 de la Ley 20/1990. ¿Pierde también el derecho a reducir su base imponible por el 50% de la dotación al fondo de reserva obligatorio?

No. Según el artículo 6.2 y 16.5 de Ley 20 / 1990 , de 19 de diciembre de 1990 , a efectos de liquidación, la base imponible correspondiente a uno u otro tipo de resultados se minorará en el 50 por 100 de la parte de los mismos que se destine, obligatoriamente, al Fondo de Reserva Obligatorio, siempre y cuando no estén descalificadas, ya que está minoración le corresponde por ser cooperativa.
No obstante, en este caso, la cooperativa tributará al tipo general del Impuesto sobre Sociedades por la totalidad de sus resultados.